Situata appena fuori dalla cerchia muraria di Portogruaro, oltre l’incrocio della Strada Statale 14, la chiesa di Sant’Agnese risale probabilmente alla prima metà del XIV secolo, quando era annessa a un monastero di monache benedettine. La prima attestazione documentaria risale al 1332, con la nomina di suor Marchesina a badessa del monastero.

Nel 1480 l’edificio passò ai Frati Minori Osservanti, che lo restaurarono e ampliarono. Dopo la soppressione dell’Ordine nel 1769, la parrocchialità della chiesa dei Santi Luigi e Cristoforo venne trasferita a Sant’Agnese, mentre la precedente sede rimase a uso esclusivo del Seminario. Documenti dell’epoca attestano anche la presenza di un cimitero nell’area antistante la chiesa.

Durante la Prima Guerra Mondiale, l’edificio fu adibito a magazzino. Nel dopoguerra subì diverse modifiche: nel 1921 vennero riaperto il rosone, ripristinate le finestre affacciate sulla strada, rifatto il pavimento in terrazzo e realizzato un pronao per proteggere l’affresco cinquecentesco nella lunetta sopra l’ingresso. Le vetrate istoriate con scene della vita di Sant’Agnese, provenienti dall’Austria, furono installate nel 1927. Negli anni Trenta l’altare maggiore venne rialzato con gradini in marmo rosso di Verona, il battistero restaurato e l’abside e il coro decorati.

Dal 1937 al 1963 il complesso monastico, trasformato in villa dal nobile veneto Martinelli, appartenne alle Figlie del Sacro Cuore, che vi istituirono un Istituto Magistrale femminile.

Tra il 1985 e il 1995 la Soprintendenza condusse un importante intervento di restauro, che consolidò i muri esterni e il tetto della sacrestia, mise in luce affreschi quattrocenteschi e sostituì la pavimentazione con lastre in pietra d’Istria.

Oggi la chiesa si presenta con un’aula rettangolare, un coro rialzato e un presbiterio poligonale. La sacrestia è situata sul lato destro del coro. Aula e coro sono coperti da capriate lignee a vista, mentre il presbiterio ha un soffitto a vele. Quattro altari laterali, due per lato, arricchiscono l’interno. La facciata, semplice e lineare, è caratterizzata dal rosone riaperto nel 1921, dall’affresco cinquecentesco nel lunotto e da una modanatura in cotto sotto la linea di gronda.

L’opera di maggior pregio custodita nella chiesa è il gruppo in terracotta della “Pietà”, attribuito allo scultore modenese Guido Mazzoni (1450-1516), una testimonianza di intensa espressività e raffinata arte plastica.

Accesso dal piano strada